本公司的前身原名為「嘉義株合自動車會社」，創立於民國十五年，迄今已有七十六年的歷史。在日據時代以加強民營公司組織，集中業者的力量，發展公路交通，實行「一地區、一業者」的民營公路政策之下，在民國三十一年二月一日由前嘉義、大同、東石、北港合興、台灣交通等，五個自動車會社合併改組為嘉義自動車會社，以及前嘉義市政府財團法人創辦之嘉義地方振興協會（嘉義縣公共汽車前身）因遭受不景氣營運不善，兼之負債過重無力維持，是時受當時日本政府慫恿於民國三十三年六月一日予以買購，迄至本省光復改為現名「嘉義汽車客運股份有限公司」。

    當時合併各小型會社經改組後的資本總額為日幣壹百萬元，轄區營運里程五百六十五點八公里，擁有車輛一百二十餘輛，每月行駛里程達二十六萬餘公里，乘客每日將近萬人，營運路線有四十餘條之多，分佈於前嘉義廳轄屬各地（即現在嘉義縣全部及台南雲林二線轄屬一部分地區）。其時公司設備有嘉義總公司、朴子、北港分公司、營業所、辦事處、車庫四所、修理工廠三處等二十餘單位，工作人員三百餘人業務蒸蒸日上頗為發達當時營業狀況佔全省同業第一位亦係本公司全盛時期。

    語云：「好景不常」，本公司那段燦爛輝煌的光榮史蹟，隨著太平洋珍珠港事變的發生，第二次世界大戰爆發而影響。戰爭風雲瀰漫到了台灣；就在民國三十年四月三日盟機空襲嘉義的那一天，本公司在嘉義市內的全部廠房及停在車庫中的客車七十八輛，卡車三輛，均在一日之間付之一炬，焚毀殆盡。全部營業形成停頓狀態，其損失之重，情形之慘，實不堪言。之後接踵而來的是原有設備和器材不斷的消耗和廢壞，新的車輛零件和油料受到戰爭的影響無法進口，市面物資缺乏也未能配合需要補充，因此自民國三十五年起營業情形一落千丈，至本省光復時僅剩餘客車十數輛，每期收支決算均有巨額的虧損，這是本公司有史以來最衰落的時期。

    當時股東們不僅未能領到分文紅利，尚傾盡全力增加資本及對外貸款勉為支撐，斯時公司負責人董事長林抱和所有董監事以及全體員工，對於服務交通的熱心，抱定不折不撓的精神，收拾了殘破的局面重新出發，承蒙路政當局及地方政府民意機關等之輔導與協助，始能漸漸恢復正常營運。

    本公司原有車輛經三十四年盟機炸燬以後，歷年消耗損壞支離破碎幾至癱瘓不繼狀態，經主持者苦心擘劃慘淡經營，至三十八年起由於國外新車陸續進口及三十九年美援車輛配售以後，本公司全體上下秉持同心協力，兢兢業業努力不懈之精神，經過許久慘淡的經營，終於使嘉義客運如鳳凰般再次從浴火中屹立重生。民國四十三交通部舉辦全省客運評比，嘉義客運經選拔榮獲第一名殊榮。目前本公司藉由自身努力與政府的補貼輔導部分路線，在現任蔡佳宏董事長的帶領下，目前有車輛一百一十餘輛，員工二百多人，總資本額為九千八百萬元。申請核准經營客運路線計有三十九條（聯營路線三條，國道通運路線二條）其路線營業里程達一四O一公里。嘉義客運的車輛每日載運熙熙攘攘的旅客馳騁於風光秀麗的嘉南平原上，為嫻靜的廣大原野增添不少熱鬧氣象，對促進發展地方交通與民生便利更有著不可言喻的功勞。

    本公司目前總公司營業地址為：嘉義市東區忠孝一街一號。在嘉義市最熱鬧的中山路設有客運班車總站（中山路503號）。在本市後湖里（保康路191號）擁有保養工廠一棟負責本公司所有車輛維修保養，並可停放容納車輛近百台。在嘉義縣朴子市最熱鬧的山通路上設有朴子車站（朴子市山通路59號）。於雲林縣北港鎮設有北港車站（雲林縣北港鎮文化路89號），兩辦事處各有員工數十人，統籌管理調度班車運作。在臺南縣白河市區（台南縣白河鎮中山路15號）與關子嶺風景區（白河關子嶺十一之四號）各建有候車室、車庫。沿公路各地均設有待辦站售票，辦公室與各場站之管理正全面邁向資訊化，各站與車上售票方式也朝電腦化進步，未來可預期的IC刷卡乘車，衛星定位導航，都已在本公司進行測試與評估階段。為求服務完善本公司車輛並於九十年度全面安裝車輛錄影監控系統。配合週休二日休閒時代的來臨，本公司已在洽商增購美觀舒適的遊覽大客車加入營業，近年雖然經濟飛快的發展使家庭自用轎車普及率日漸提高，大眾運輸的成本與營收似有愈加困難，但本公司依然用最大努力來增添各類基礎周邊設備，用最大決心來服務民眾百姓，時時不忘當初股東董事們合組公司之宗旨：「安全、公道、舒適、便捷」。斯盼我嘉義客運能繼往開來，發揚光大為民謀福。